影の怪物に取り込まれ姿を消したクールを必死に探すトビー達。その頃、ビーン島全体に異変が……稲妻に当たった島の人々が石に変化してしまう事件が起きていた。トビーの家族まで石になってしまう！

世界を魔王から救うため伝説の豆を探す旅に出たトビー達。突如、島ほど大きな魚の怪物アクダに遭遇！それを捕らえようと双子のビンゴとコンゴが現れる。これに目をつけた魔王はアクダを凶暴にさせてトビー達を襲わせる。トビー達はアクダに飲み込まれてしまう…。

トビー達は巨大な樹がそびえる知恵村に漂着する。突然、村の長老にラブとオスカーが捕まり、奇妙な試練を受けることに。砂時計が落ちる前に試練を突破しなければ、ラブとオスカーが危ない！先を急ぐトビー達の前に不思議な子供ヤミィが現れる。

記憶を取り戻し、知恵村が故郷だと思い出したマックスは母と再会。しかし父は行方不明だという…。その時、知恵の森を切り倒す魔王の手先、闇将軍バックスの軍団が現れる。戦いの中、マックスは闇将軍が魔王に操られた父バックスだと知る…。

トビー達一行は海の底にあるスポーツキングダムで双子のビンゴとコンゴに再会！しかし何故かスポーツで対戦することに！？ 優勝したチームには運動の豆が与えられる…。しかたなく試合を始めるトビー達だが、ビンゴチームに紛れ込んでいるゴールド達の卑怯な手に悪戦苦闘…。

スポーツ対決は個人戦へ突入！ここでもゴールドとシルバーは卑怯な手でトビーチームを妨害してくる。そして勝負はトビーとコンゴの直接対決で決することに！あくまでも闘う事にこだわるコンゴにトビーの友情は届くのか！？その試合中、魔王の怪物も乱入して来て…

グルメスポットとして名高い美食村にやって来たトビー達。しかし村にはお腹をすかした子供たちが残されているだけ…。魔王ルークが村の大人達を美食城に捕らえてしまったのだ。その時、クールが作ったはずのロボット、スーパーＸがトビー達の前に現れる！

直接戦いに乗り込んできた魔王ルークに苦戦をしいられるトビー！捕らえられた仲間たちを救出すべく美食城へ潜入することを試みるが、新しい仲間ビンゴ、コンゴのふたりは勝手に城に突入していってしまう…。

全てが氷に閉ざされた王国へやって来たトビー達は不気味な怪物の声を聞く…。原因を突き止めようとするトビー達だが、王国にかけられた呪いでビンゴが氷の人形になってしまう！

氷漬けになったビンゴを救うべく、氷の女王の元へ行くトビー達。しかし目の前に氷の怪物が立ちはだかり、トビーは捕らえられてしまう！一時退却したラブ達は、女王の恋人ヒースを復活させることに成功。トビーを救い出すため、再び城へと向かう。